Cygwin DLL(Cygwin1.dll)が「プロセス間通信」「セマフォ」「共有メモリ」「メッセージキューイング」などを仲介するサービスも提供することにより、UNIX(Linux)系ツールとのソースコードレベルの互換性を実現しています。
UNIX(Linux)アプリケーションプログラムは「Cygwin1.dll」と動的にリンクすることにより、Windows上でUNIX(Linux)上とほぼ同じように動作します。
ライブラリに対してリンクされたバイナリが実行されると、Cygwin DLLがアプリケーションのテキストセグメントにロードされます。その下で実行されているすべてのプロセスにアクセスする必要があるUNIXカーネルをエミュレートします。
Cygwin用として提供されていない他のUNIX(Linux)用プログラムであっても、Cygwin上でソースコードをコンパイルすることにより実行できます。
VMWare上などで動作するUNIX互換システムとは異なり、CygwinからWindowsネイティブ環境に直接アクセスできることが大きな利点です。
Cygwinディストリビューションには「ほとんどのGNUツール」「多数のBSDツール」「Xサーバ」「Xアプリケーションのフルセット」などを含む何千ものパッケージが含まれています。
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